Вирус гепатита С (ВГС) представляет собой небольшой (55-65 нм в размере) сферический РНК-содержащий вирус из семейства Flaviviridae. HCV является причиной развития гепатита С в организме человека. ВГС состоит из основного генетического материала (РНК), окруженной защитной белковой оболочкой, а также липидной (жировой) оболочкой сотовой структуры, которая содержит два оболочечных белка — гликопротеины E1, E2, встроенные в липидные оболочки. 
Белки E1 и E2 обеспечивают проникновение вируса в клетку и закрепление в ней.
Геном HCV включает в себя одноцепочную РНК, имеющую 9600 нуклеотидных оснований. На 5' и 3' концах РНК ВГС расположены нетранслируемые регионы, имеющие приблизительно 340 и 60 оснований, которые важны для жизнедеятельности и репликации вирусной РНК. Гены, кодирующие структурные белки, расположены у 5' области генома вируса, а неструктурные — у 3' области. 5' участок генома вируса гепатита С кодирует три структурных белка ВГС: два оболочечных белка, кодированных зоной Е1 и Е2 и C (кор) нуклеокапсидный белок.
3' область генома кодирует неструктурные белки NS2 , NS3, NS4 , NS4A, NS4B, NS5 , NS5A и NS5B. 
Белки, кодированные с зон NS2 и NS4, выполняют клеточную мембранную функцию. Белок зоны NS3 является РНК-протеазой. Белок, синтезированный NS4A зоной, выполняет стабилизирующую функцию. Зона NS5B представляет собой РНК-полимеразу. NS5A устойчив к интерферону и играет значительную роль в вирусном патогенезе.
Репликация HCV включает в себя несколько этапов. Вирус размножается в основном в гепатоцитах печени, где, по оценкам, ежедневно каждая инфицированная клетка производит около пятидесяти вирионов (вирусных частиц). Вирус может также реплицировать в мононуклеарных клетках периферической крови, что способствует высокому уровню иммунологических нарушений, обнаруживаемых у инфицированных хроническим гепатитом С (ХВГС). 
Вступление в клетки хозяина происходит через сложные взаимодействия между вирионами и клеточными поверхностями молекул. Оказавшись внутри гепатоцитов, ВГС использует внутриклеточный механизм репликации. Геном ВГС использует для получения одного белка более 3000 аминокислот. Полипротеин взаимодействует с вирусной и клеточной протеазой для производства трех структурных и семи неструктурных (NS) белков. РНК формируется с помощью РНК-зависимой полимеразы NS5B, которая производит отрицательную цепь промежуточных РНК. Отрицательные цепи РНК затем служат шаблоном для производства новых позитивно-ориентированных вирусных геномов. Находящиеся в стадии становления геномы могут далее реплицироваться и образовывать новые вирусные частицы, которые впоследствии выходят из клетки.
Наиболее широко используются классификация вируса гепатита С по следующим генотипам (основным типам): 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 и 11. Генотипы ВГС могут быть разбиты на подтипы, некоторые из которых включают в себя:
2a, 2b, 2c
3a, 3b
4a, 4b, 4c, 4d, 4e
5a
6a
7a,7b
8a, 8b
9a
10a
11a
HCV эволюционировал в течение нескольких тысяч лет. Этот факт может объяснить нынешние особенности глобального распространения генотипов и подтипов:
1а — распространен в основном в Северной и Южной Америке, а также в Австралии
1b — чаще всего встречается в Европе и Азии.
2a — наиболее распространен в Японии и Китае.
2b — в США и Северной Европе
2c — в Западной и Южной Европе.
3а — Австралия, Европа и Южная Азия.
4а — Египет
4с — Центральная Африка
5а — Южная Африка
6а — Гонконг, Макао и Вьетнам
7а и 7b — Таиланд
8а, 8b и 9а — Вьетнам
10а и 11а — Индонезия
Всемирная организация здравоохранения на сегодня выделяет 6 основных генотипов вируса, их распространенность представлена ниже:
В Европе и России частота определения генотипов располагается в следующем порядке: 1b, 3а, 2а, 2b. Генотип является клинически важным при определении потенциального ответа на терапию различными препаратами и продолжительности такой терапии.
Анимация действия вируса HCV
Еще материалы: О вирусе гепатита С